Wilayah Delitua pada tahun 1974 merupakan daerah yang masih terpencil baik geografisnya maupun sumber daya manusianya. Mayoritas penduduk di wilayah ini masih menganut agama tradisional yakni agama Pemenna, suatu agama tradisional Suku Karo. Melihat situasi ini, terutama untuk penyebaran iman Katolik dan pengadaan tenaga-tenaga pengajar agama Katolik, misionaris asal Italia yakni P. Salvatore Sabato OFMConv, tergerak hatinya dan mulai memikirkan untuk mendirikan Pendidikan Guru Agama. Dengan kerja keras dan inisiatif beliau bersama dengan beberapa awam Katolik yang berpendidikan tinggi mulailah dibuka Pendidikan Guru Agama (PGA) di tempat ini dengan persetujuan Uskup Agung Medan – Mgr. Pius Datubara OFMCap., pada tahun 1978.
Pada awalnya, gedung untuk Pendidikan Guru Agama/PGA ini adalah Gedung SMPK Deli Murni, Yayasan Deli Murni. Jabatan kepala sekolah dipegang oleh P. Salvatore Sabato OFMConv. dari tahun 1978 sampai 1984. Pendirian lembaga ini melalui suatu proses panjang dan berkaitan dengan situasi yang terjadi sebelumnya. Wilayah Delitua pada tahun 1974 merupakan daerah yang masih terpencil baik secara geografis maupun termasuk sumber daya manusia. Pada saat itu mayoritas penduduk wilayah ini masih menganut agama Pemenna, suatu agama tradisional Suku Karo. Hal ini menggerakkan hati misionaris asal Italia, Pastor Salvatore Sabato OFMConv, untuk mendirikan Pendidikan Guru Agama Katolik (PGAK). Dengan persetujuan Uskup Agung Medan Mgr. Pius Datubara OFM.Cap dan bantuan beberapa awam. Sekolah ini resmi berdiri dan mulai beroperasi pada tahun 1978. Pastor Salvatore, OFMConv langsung menjadi kepala sekolah pertama dari lembaga ini.
Kemudian pemerintah mengeluarkan peraturan yang akan menutup pendidikan kejuruan seperti SPG dan PGA. Peraturan baru tersebut memaksa pimpinan PGA dan KAM untuk memikirkan alternatif baru bentuk pendidikan guru agama yang notabene sangat dibutuhkan oleh masyarakat. Ada kebutuhan yang mendesak di Sumatera Utara akan guru agama Katolik pada jenjang pendidikan SLTP dan SMU. Pada saat itu persoalan yang belum teratasi adalah kurang dan bahkan tidak ada tenaga guru agama Katolik yang profesional. Untuk mengatasinya, pada waktu itu para pastor, bruder, frater, dan suster dilibatkan menjadi guru agama Katolik. Namun hal ini tetap tidak menyelesaikan masalah karena jumlah tenaga pengajar agama Katolik tidak sebanding dengan jumlah murid yang beragama Katolik. Melihat kenyataan seperti ini dirasa perlu adanya Perguruan Tinggi Agama Katolik.
Atas dasar keprihatinan masyarakat dan Gereja tentang kekurangan tenaga guru yang profesional dan peraturan baru pemerintah tersebut, maka KAM dan Ordo Saudara Dina Konventual mulai menjajaki kemungkinan untuk membuka program D2 dan D3 Institut Pastoral Indonesia (IPI) di Keuskupan Agung Medan.
Pada bulan Januari 1984 Uskup Agung Medan Mgr. Pius Datubara OFMCap dengan pihak Ordo saudara Dina Konventual mulai menjajaki pendirian IPI. Pada tanggal 16 Desember 1986 P. Salvatore Sabato OFMConv. sebagai kepala sekolah PGA mengajukan permohonan dan syarat-syarat ke IPI Malang tentang kemungkinan IPI Malang membuka cabang/filialnya di Delitua.
Pada tanggal 22 Juni 1987 Dirgen Bimas Katolik mengeluarkan surat izin kepada IPI Malang untuk membuka filial. Maka pada tanggal 10 Juli 1987, rektor IPI Malang mengeluarkan surat keputusan No. 168/IPI/VII/87 tentang dibukanya program D2 dan D3 di beberapa propinsi termasuk di Sumatera Utara yakni di Delitua. Uskup Agung Medan melalui Surat Keputusan No: 631/Y/KA/1988 membuka IPI Filial Malang di Delitua, dan mengangkat P. Salvatore Sabato OFMConv. sebagai ketua IPI Filial Malang Delitua.
Pada tanggal 1 Agustus 1988 resmi dibuka pendaftaran calon mahasiswa IPI Filial Malang di Delitua yang diresmikan oleh Dirjen Bimas Katolik bapak Brigjen TNI Ignasius Imam Kuseno Mihardjo. Kemudian pada tanggal 15 Agustus 1988 kuliah perdana dimulai dengan jumlah mahasiswa program D3 = 6 orang, dan program D2 = 57 orang. Para dosen yang menjadi staf pengajar pada saat itu adalah para alumni IPI Malang.
Perjalanan IPI Filial Malang di Delitua dimulai sejak tahun 1988 hingga tahun 2005. Jadi kira-kira selama 16 tahun IPI Delitua beroperasi. Dalam perjalanan waktu, jumlah mahasiswa dari tahun 1992-1996 terus menurun dan bahkan sempat kosong pada tahun 1996-1999. Penyebabnya adalah tidak ada lapangan kerja dan kalaupun ada sangat tidak memadai dari segi honor. Dengan ini ada banyak kritikan dari umat agar IPI ditutup saja karena menciptakan pengganguran. Melihat gejala semakin tidak ada peminat, maka P. Antonio Murru OFMConv. selaku kustos menginstruksikan agar tidak menerima pendaftaran mahasiswa (1996-1998) sambil menungu perkembangan selanjutnya.
Situasi di atas menyebabkan IPI mengalami kesulitan dalam hal keuangan. IPI hanya bergantung dari uang kuliah saja dan sedikit bantuan dari keuskupan. Keadaan ini berakibat pada pengurangan tenaga dosen (PHK) karena kekurangan uang untuk membayar gaji. Tahun 1999 ada permohonan dari umat dan pastor paroki agar IPI dibuka kembali. Maka pada tahun 1999 juga dicoba menerima pendaftaran dan hanya 11 orang mahasiswa termasuk 3 orang frater.
Situasi menggembirakan terjadi pada tahun 2000. Pemerintah Presiden Abdulrahman Wahid mengeluarkan kebijakan pengangkatan PNS secara besar-besaran, termasuk Guru Agama Katolik. Pemerintah menyediakan 2.700 formasi guru Agama Katolik SD. Kebajikan ini membuat seluruh alumni IPI Malang dan Filial-Filialnya berpeluang menjadi PNS untuk bidang guru Agama Katolik. Di Sumatera Utara pada saat itu diangkat 500 CPNS Guru Agama Katolik. Situasi yang sangat fantastis dan mengejutkan Gereja.
Di sisi lain Gereja Katolik KAM tidak siap menyambut kabar baik ini. Gereja hanya dapat mengisi 450 dari 500 formasi yang disediakan. Itupun sudah mencakup semua alumni IPI, STKIP Madiun, dan STFT Pematang Siantar. Situasi ini berdampak pada peningkatan minat masyarakat secara signifikan masuk IPI Delitua. Banyak kaum muda Katolik melihat IPI sebagai pilihan yang menjanjikan.
Program D2 dan D3 IPI dirasa kurang cukup menjawab kebutuhan umat dan masyarakat masa sekarang. Para alumni IPI juga mendesak agar dibuka program Sarjana (S-1) demi kelanjutan pendidikan mereka. Selain itu, pemerintah semakin memprioritas pengangkatan guru agama PNS yang berkualifikasi Sarjana. Atas desakan-desakan ini maka keuskupan mulai memikirkan agar program diploma dikonversi menjadi program sarjana.
Pastor Salvatore Sabato, OFMConv ditunjuk Uskup KAM untuk membidangi persiapan pendirian Sekolah Tinggi Pastoral (STP) dengan jenjang Sarjana dan terpisah dari IPI Malang. Pada 9 Mei 2005 Uskup Agung Medan mengeluarkan Surat Keputusan No: 887/YD/KA/2005 tentang pendirian Sekolah Tinggi Pastoral (STP) dengan nama pelindung Santo Bonaventura. Maka sekolah baru ini diberi nama Sekolah Tinggi Pastoral (STP) Santo Bonaventura Keuskupan Agung Medan. Dalam surat keputusan ini, Uskup Agung Medan menegaskan bahwa lembaga ini didirikan demi ketersediaan tenaga-tenaga ahli dalam bidang Ilmu Agama terutama dalam bidang pastoral dan katekese.
Berlandaskan keputusan ini, maka pada tanggal 31 Oktober 2005 Dewan Penyelenggara Sekolah Tinggi Pastoral Santo Bonaventura Keuskupan Agung Medan mengajukan permohonan izin operasional kepada Dirjen Bimas Katolik di Jakarta. Pada 11 Januari 2006 Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Departemen Agama Republik Indonesia mengelurkan Surat Keputusan No. Dj.IV/Hk.00.5/2006 tentang pemberian izin operasional kepada Sekolah Tinggi Pastoral (STP) Santo Bonaventura Keuskupan Agung Medan. Berikutnya pada 23 Pebruari 2006 Uskup Agung Medan melalui Surat Keputusan No: 168/YD/KA/2006 mengangkat P. Salvatore Sabato, OFMConv sebagai Ketua Sekolah Tinggi Pastoral St. Bonaventura Keuskupan Agung Medan untuk jangka waktu 3 tahun.
Pada tahun 2006/2007, STP Santo Bonaventura Keuskupan Agung Medan menerima mahasiswa baru untuk angkatan pertama. Perkuliahan terpaksa diadakan di kompleks Perguruan Katolik Deli Murni Delitua karena STP belum memiliki gedung sendiri. Pada 12 Mei 2007, Dirjen Bimas Katolik, Drs. Stef Agus meresmikan pendidirian sekolah ini. Hadir dalam acara ini Uskup Agung Medan, Mgr. Pius Datubara OFM.Cap dan Gubernur Sumatera Utara, Drs. Rudolf M. Pardede.